iOSのアプリはPC側のiTunesとiPhone・iPadのAppStoreからそれぞれインストールすることが可能です。
こまめに同期をとっていれば問題ありませんが、iTunesとiPhoneで認識しているアプリにズレがあると、場合によっては同期時に無い側に寄せられ消えてしまう場合があります。
基本的にはiTunesにあるアプリ一覧をiPhoneに上書きして同期される印象です。
そうなると、iTunesに無くてiPhoneに有るアプリは同期時にiTunesを正としてiPhoneから削除されてしまいます。
これを避けるためには、iPhoneのみにあるアプリをiTunesに転送する必要があります。
転送する方法はAppleより周知されています。
iTunes Store で購入したアイテムを、iPhone、iPad または iPod からコンピュータに再ダウンロードまたは転送する - Apple サポート
ただ、この方法は「Appを同期」にチェックが入っている場合にのみ有効です。
しかし、Appを同期してしまうと前述の通りiPhone側のアプリが削除されてしまうというジレンマ…
どうしたものかと調べてみると、以下のQAを見つけました。
iTunesでアプリを同期したいのですが、iPhoneをパソコンに接続して、iTu... - Yahoo!知恵袋
こちらに掲載されている方法で試してみたいと思います。
成功したら追記します。
(追記)
バックアップ中だったため転送できなかっただけのようでした… たぶん。
ひとまず、上記リンクで掲載されている方法に近い手順で転送が実行できています。
iPhoneには、既にAppStoreから削除されているアプリもあるため転送しておきたかったです。