最近はそうでもないかもしれませんが、以前は「ダウンロード」と「インストール」が混同されがちでした。
そして、今でも「インストール」と「セットアップ」は明確に区別していないひとも多いかもしれません。
ダウンロード
ダウンロード【download】の意味 - 国語辞書 - goo辞書
［名］(スル)インターネットなどで、通信回線を介してまとまったデータ（ファイル）をホストコンピューターから受信すること。⇔アップロード。
downloadの意味 - 英和辞書 - 英語辞書 - goo辞書
[動](他)《コンピュータ》ダウンロードする：データを自分のパソコンに取り込む. ⇒UPLOAD
インターネットは大規模なサーバとクライアントで成り立っているともいえますが、「ダウンロード」はサーバ上のファイルを自分の端末に持ってくることを指します。
後述の「インストール」が不要なアプリケーションは、ダウンロードして展開するだけで使うことができます。
インストール
インストール【install】の意味 - 国語辞書 - goo辞書
［名］(スル)《据えつける意》コンピューターで、ソフトウエアなどを導入・設定して実際に使用できるようにすること。
installの意味 - 英和辞書 - 英語辞書 - goo辞書
- 〈装置などを〉取り［すえ］つける，設備する
- ［III[名]（[副]）/V[名]as[名]］〈人を〉（…の仕事に）つかせる，任命する，就任させる((in ...))
- （ある場所に）落ちつかせる；((受身または～ -self))（ある場所に）着席する，座る，住む
- 《コンピュータ》インストールする：コンピュータにソフトを組み込む.
［中ラテン語installāre（in-中に＋stallāre置く＝場所に置く）］
コンピュータ用語として普及していますが、元は「取り付ける」「設備する」といった意味の英単語です。
「インストール」は「ダウンロード」しただけでは使えないアプリケーションを、自分の端末上で使えるようにするための設備作業を指します。
セットアップ
setupの意味 - 英和辞書 - 英語辞書 - goo辞書
- 機構，組織，配置，組み立て.
- ((主に米))（体の）姿勢，身のこなし.
- ((米略式))（レストランなどの）一卓の食器具；（酒を飲むときの）必要品一そろい（グラス・氷・ソーダ水など），（特に）清涼飲料.
- ((略式))うまくいくように仕組まれた事［競技］，八百長試合；罠(わな)；弱い［楽に勝てる］相手；だまされやすい人，「かも」.
- （道具などの）配置；計画，行動方針.
- 《スポーツ》セットアップ（得点しやすい位置にボール［パックなど］を打つショット）；セットアップされたボール［パック］.
「セットアップ」は配置、組み立てといった意味の英単語です。
インストールの別名、という位置付けで解説しているページも多いです。
インストールとは｜セットアップ｜install - 意味/解説/説明/定義 ： IT用語辞典
インストールとは 「セットアップ」 (install)： - IT用語辞典バイナリ
インストールとの違いとして、一番わかりやすい例が「対話式インストーラ」です。
アプリケーションをインストールする場所を指定したり、インストールする機能を必要なもののみに絞ったり、初期設定としてオプションを変更したりといった作業です。
つまり、インストール時に自分で使いやすいよう組み立てていく作業を「セットアップ」と呼ぶことが多いです。
アプリケーションを使えるようにする、という点ではどちらも同じなのがややこしいです。
少し調べたところ、「Windowsをインストールする、とは言わないがセットアップする、とは言います」と説明している文を見かけましたが、OSをインストールするという表現はよく聞きます。
OS導入時の流れが「OSのインストール」→「初期設定」なため、総じて「セットアップ」と呼ぶべきかもしれませんが、OSに対してインストールという単語を用いるのは違和感を覚えません。
また、対話式インストーラを例に挙げていますが、「インストールウィザード」という単語も存在するようです。
「ウィザード」というのは対話式のプログラム全般を指す単語ですが、これまた不思議なことに「セットアップウィザード」以上によく使われる単語なようです。