最近はそうでもないかもしれませんが、以前は「ダウンロード」と「インストール」が混同されがちでした。
そして、今でも「インストール」と「セットアップ」は明確に区別していないひとも多いかもしれません。
ダウンロード
ダウンロード【download】の意味 - 国語辞書 - goo辞書
downloadの意味 - 英和辞書 - 英語辞書 - goo辞書
インターネットは大規模なサーバとクライアントで成り立っているともいえますが、「ダウンロード」はサーバ上のファイルを自分の端末に持ってくることを指します。
後述の「インストール」が不要なアプリケーションは、ダウンロードして展開するだけで使うことができます。
インストール
インストール【install】の意味 - 国語辞書 - goo辞書
installの意味 - 英和辞書 - 英語辞書 - goo辞書
コンピュータ用語として普及していますが、元は「取り付ける」「設備する」といった意味の英単語です。
「インストール」は「ダウンロード」しただけでは使えないアプリケーションを、自分の端末上で使えるようにするための設備作業を指します。
セットアップ
setupの意味 - 英和辞書 - 英語辞書 - goo辞書
「セットアップ」は配置、組み立てといった意味の英単語です。
インストールの別名、という位置付けで解説しているページも多いです。
インストールとは|セットアップ|install - 意味/解説/説明/定義 : IT用語辞典
インストールとは 「セットアップ」 (install): - IT用語辞典バイナリ
インストールとの違いとして、一番わかりやすい例が「対話式インストーラ」です。
アプリケーションをインストールする場所を指定したり、インストールする機能を必要なもののみに絞ったり、初期設定としてオプションを変更したりといった作業です。
つまり、インストール時に自分で使いやすいよう組み立てていく作業を「セットアップ」と呼ぶことが多いです。
アプリケーションを使えるようにする、という点ではどちらも同じなのがややこしいです。
少し調べたところ、「Windowsをインストールする、とは言わないがセットアップする、とは言います」と説明している文を見かけましたが、OSをインストールするという表現はよく聞きます。
OS導入時の流れが「OSのインストール」→「初期設定」なため、総じて「セットアップ」と呼ぶべきかもしれませんが、OSに対してインストールという単語を用いるのは違和感を覚えません。
また、対話式インストーラを例に挙げていますが、「インストールウィザード」という単語も存在するようです。
「ウィザード」というのは対話式のプログラム全般を指す単語ですが、これまた不思議なことに「セットアップウィザード」以上によく使われる単語なようです。